Podgora jest po raz pierwszy wymieniona, jako jedno z miejsc pod patronatem Wenecji, po klęsce Turków w bitwie pod Lepanto już w 1571 roku. Na cmentarzu obok kościoła św. Tekli można jeszcze zobaczyć nagrobki z tamtej epoki. Pomimo, że wymieniana jest dopiero w czasach średniowiecza, artefakty archeologiczne świadczą o istnieniu wielu osiedli w tym miejscu w ciągu tysięcy lat, od prahistorii i starożytności przez średniowiecze do czasów współczesnych - prawdopodobnie ze względu na dobrą lokalizację, łagodny klimat i piękną przyrodę.
Sama nazwa - Podgora – jest rezultatem naturalnego położenia tuż obok zboczy Biokova. W czasach najazdów tureckich miejsce to było jednym ze strategicznych punktów obronnych, o czym świadczą liczne wieże i w tamtych czasach posiadało „tytuł” Kasztelu (Castello).
Miasto podzielone jest na dwie części - górną (starą) Podgorę zbudowali mieszczanie, którzy uciekając przed atakami hajduków schronili się na zboczach Biokova. Dolna Podgora (Końcowa część) została zbudowana głównie po tragicznym trzęsieniu ziemi w 1962 roku, które zniszczyło wiele wsi i piękno natury. Budowa dolnej Podgory rozpoczęła również szybki rozwój turystyki w rym regionie.
